تأسست في العام 2005م كمكتبة فرعية تتبع للمكتبة المركزية في جامعة زالنجي وكانت مساحتها 20 متر بسعة 12 طالب وطالبة وعدد ثلاثة موظفين ثم توسعت  في العام 2007م بمساحة قدرها 440 متر المكتبة الحالية ولها أربعة أجنحة جناح للطلاب وجناح للطالبات وجناح للدراسات العليا وجناح للمكتبة الإلكترونية وتسع لـ(134) طالب وطالبة كل المستفيدين من الكليات والمراكز. وبعد قرار إنشاء جامعة الجنينة في العام 2014م تم تحديث المكتبة وتزويدها بمراجع بلغ عددها 4299 مرجع بعناوين مختلفة و500 دورية وعدد 48 رسالة علمية 15 منها في درجة الدكتوراه. كما تم تعيين عدد من الموظفين وصل عددهم 22 موظفاً وموظفة موزعين في المكتبات المختلفة. وتبعاً للتطور السريع الذي شهدته الجامعة تم إنشاء مكتبات جديدة مثل: مكتبة الطب، ومكتبة العلوم الصحية التطبيقية.