في إطار الأهداف العامة للجامعة تقوم أمانة الشؤون العلمية بتحقيق الأغراض الآتية:

1. متابعة إجراءات القبول والتسجيل للطلاب وإجراءات تحويلهم من الجامعة إلى جامعة أخرى أو من الكلية إلى الكلية أخرى داخل الجامعة.
2. قيام بتحديد المؤهلات العلمية المطلوبة لقبول الطلاب وذلك بعد التشاور مع عمداء الكليات المختلفة بعد التوصية من مجلس الأساتذة.
3. قيام بتحديد عدد الطلاب المخطط للقبول للدراسة بالجامعة وذلك بعد التشاور مع عمداء الكليات المختلفة بعد التوصية من مجلس الأساتذة.
4. تحديد المصروفات الدراسية والرسوم الأخرى للطلاب بعد التوصية من مجلس الأساتذة.
5. استخراج واعتماد الشهادة للخريجين للكليات المختلفة.
6. حفظ سجلات الأداء الأكاديمي للطلاب.
7. مراقبة الامتحانات والتأكيد من إجراءاتها وفقاً للوائح الجامعة.
8. تنسيق ومتابعة وتنفيذ خطط تدريب أعضاء هيئة التدريس بالجامعة ومتابعة إجراءات إبتعاثهم داخلياً وخارجياً ومتابعة التقارير عنهم.
9. الإشراف على تحديد منشورات الجامعة.
10. إعداد التقويم الدراسي للجامعة.
11. إيجاد علاقات مع مؤسسات التعليم العالي داخل السودان وخارجه.
12. تحضير الإحصائيات والمعلومات عن الشؤون العلمية بالجامعة.
13. التعريف بالجامعة ونشاطها العلمي.

14. تنمية الأستاذ بالداخل والخارج.